Основное отличие инвертированных (перевернутых) микроскопов от прямых в том, что объективы расположены снизу под объектом наблюдения, а осветительный конденсор сверху. Такая конструкция микроскопа значительно расширяет возможности проведения научных исследований. Можно исследовать биологические объекты зафиксированные на предметном стекле, изучать биокультуры непосредственно в стеклянной лабораторной посуде с питательной средой, наблюдая за развитием культур через стеклянное дно посуды, наблюдать результаты химических реакции в стеклянной лабораторной посуде (чашки Петри, колбы).